作为新兴技术，大数据的发展之路并非一帆风顺，在通往智慧医疗的路上也充满了曲折。大数据在医疗领域的发展主要面临以下挑战：

　　数据採集及标準化

　　使用大数据技术，首先要有足够的病人、藥物等相关资讯，这是实现智慧医疗的基础。然而许多藥企、医疗机构可能因为各种原因不愿分享这些资讯。此外，很多新兴数据较难採集，如基因资讯、感测器数据等。

　　同时，每家医院资讯化建设都涉及十几个甚至几十个公司的不同产品，而每个公司的数据标準、採集存储方式都不尽相同。因此，即便是在同一家医院，也会出现多个资讯系统之间资讯无法分享、系统难以交互的情况，数据标準化问题亟待解决。

　　相关技术人才紧缺

　　大数据的独特性对传统的统计方法发出了挑战，促进了适用於大数据分析的统计方法的发展。当然大数据分析并不仅仅是提取、汇总，由於数据本身的複杂性，使得分析的过程充满了误区。这对技术的应用也提出了更高的要求，然而这方面的人才奇缺，如果没有足够的技术人才进行处理，数据也将毫无用武之地。

　　患者隐私和资讯安全

　　随着数据量的不断增加，对数据备份系统与容灾机制都提出了更高的要求，以解决数据的物理安全、黑客入侵、病毒感染等问题。另外，病人的隐私问题也值得关注。在保护病人隐私的前提下，提供足够详细的纪录来支持大数据分析并非易事。