綠色奧運是二○○八北京奧運會三大理念之一，綠色奧運的宗旨是以保護環境、保護資源、保護生態平衡的可持續發展思想籌辦奧運會及殘奧會。籌備馬術項目過程中，馬術公司、馬會及各個有關機構都將綠色奧運理念具體落實到賽事不同環節，並透過馬房廢料、環保物料循環再用、保育及節約能源等四個範疇，打造綠色奧運城市。

馬會將馬糞及馬房廢料循環再造，轉化成為環保有機肥料。是項循環再造計劃已於去年八月舉行的「好運北京──香港回歸十周年杯」馬術測試賽期間展開，每日將十噸來自奧運馬房的廢料送往回收場進行處理。馬房廢料經處理後，會用來餵飼蚯蚓，使之轉化為有機肥料。奧運馬術比賽舉行期間，沙田奧運馬術比賽場地所產生的馬房廢料亦會以類似方式進行處理。馬會承諾，奧運馬匹馬房廢料百分百循環再造。屆時每天處理的廢料將超逾三十噸。

比賽場地在施工過程中盡量採用環保及循環再造物料，其中興建馬房的木材，是竹片加工循環再造。而馬房範圍內的通道，利用舊車胎循環再造而成的物料鋪設。雙魚河越野賽賽道上的部分障礙，由循環再造的廢置電線杆改造而成。場館將減少使用即用即棄的包裝及用具，採用可回收物料的餐盒包裝食物，亦會使用環保清潔劑。

節約能源，馬房空調及照明比傳統節能達三成，主賽場和訓練場照明系統都經過特別設計，達至節能效益。