2001年1月2日，金门、马祖通往福建的“小三通”首航。

　　2002年4月16日，金门至厦门定期班轮正式开通，每周二、五各往返一次。次日，厦门首次从金门按一般贸易方式直航进口产品。

　　2003年春运期间，厦金“小三通”航班增加到每周六天，同年4月扩大到七天。此后，厦金航班数量不断增加，“小三通”由个案变成了通案。

　　2004年12月7日，福建居民经厦金“小三通”赴金门旅游正式启动。

　　2008年12月15日，两岸海运直航、空运直航及直接通邮全面启动，宣告两岸“大三通”时代来临，“小三通”客运量依然持续稳定增长。

　　2010年，厦金“小三通”航线迈入双向行李托运服务的新阶段，往返两岸的旅客更轻松、便利。

　　2019年6月1日，金门与福建沿海地区直接往来的旅客人数累计突破2000万人次。

　　2020年2月7日，台当局陆委会以“防疫”为由宣布自2月10日起暂停“小三通”客船服务。