奥运站原址是前大角咀码头,也是港铁东涌綫首个落成的车站。原来计划命名为大角咀站,1996年7月初,临近落成时,当时的地铁有限公司一度表示,考虑以车站附近的樱桃街命名为樱桃站。
1996年8月2日,滑浪风帆选手李丽珊在亚特兰大奥运会上为香港夺得首枚奥运金牌,而在残奥运动会上,亦有香港运动员夺得金牌,有杰出表现。
地铁有限公司遂与香港业余体育协会暨奥林匹克委员会(今中国香港体育协会暨奥林匹克委员会)达成协议,于同年12月16日将车站命名为奥运站,以表扬香港运动员的辉煌成就。
奥运站内月台墙壁上也有各种运动员比赛中的图案。