一九二七年美国天主教会本笃会，在北京创立辅仁大学，倡议者是《大公报》的创办人英敛之，英敛之一九二五年创办了为天主教人员进修中国文史而设的辅仁社，大学之名来源于此。一九二六年英敛之去世，将自己的未竟之业托付陈垣。辅仁大学从创校之日起，直至一九五二年并入北师大，陈垣始终担任校长。

　　辅仁大学的国文课，不隶属中文系，由陈垣校长直接主持，所用教材由校长亲自编选，内容多半为先秦历史名篇，于学生的深造中国文史非常有益。他在家书中说，“教书可以教学相长，教国文尤其可以借此练习国文，于己有益，必有进步。”

　　一九一九年陈垣由燕京大学校长司徒雷登主持受洗入基督教，由于他长期担任辅仁大学校长，常有人误以为他是天主教徒，也有人误以为他是回教徒，他著《中国佛教史籍概论》等佛教史学论著，与佛教业也结下不解之缘，署名自称圆庵居士，与本字“援庵”同音，他所有宗教史研究文字，对于宗教教义，几乎从不置评，他与多种宗教的复杂关系，非一语可以尽之。他曾明确说过，“我实为一宗教史研究者而已，不配称为某某教徒也。”

　　陈垣是广东新会人，字援庵，生于一八八○年，出身于药商家庭，早年就读于美国传教士在广州创办的博济医学院，接受过现代西化的科学训练。陈垣治史学之初，依据张之洞《书目答问》搜集材料研读，一九一三年他以议员身份赴北京参加中华民国第一届国会，从此定居北京。一九一七年著《元也里可温教考》，开启他的史学生涯，对于中国宗教史的研究，他作出了开拓性贡献，和陈寅恪并称“南北二陈”。《元西域人华化考》、《二十史朔闰表》、《中西回史日历》、《史讳举例》、《校勘学释例》、《明季滇黔佛教考》、《中国佛教史籍概论》等，是他的主要学术著作。

　　王国维、陈寅恪、陈垣、汤用彤等人在中国西北舆地、中西交通、汉文宗教、佛教历史、历史文献等方面能够超越戴震、钱大昕这些乾嘉学派的大师，主要得益于西方汉学家如伯希和、斯坦因等人的研究所带来的启发，这些汉学家们真正作出贡献的领域，其实不是汉学，而是中国人向来忽视的匈奴、鲜卑、突厥、回纥、契丹、女真、蒙古、满洲等领域，其基本方法，是首先学习掌握这些少数民族的语言文字。陈垣在研究元史过程中，自学了蒙古文，汤用彤的佛教史研究，受益于他的梵文和巴利文。

　　作为史学界前辈，陈垣在北京生活了近一个甲子，加上此前在北京大学、燕京大学等地任教授，他培养出大批卓越的史学家，桃李满天下。邓广铭、白寿彝、郑天挺、韩儒林、方国瑜、史念海、柴德赓、臺静农、姚从吾、冯承钧、翁独健、岑仲勉、周一良、启功、周祖谟、刘乃和、单士元、蔡尚思、容肇祖等等皆出其门下。其中余逊（余嘉锡之子）、柴德赓、启功、周祖谟，更被称为“陈门四翰林”。曾在辅仁授课的名教授不可胜数，以刘盼遂、高步瀛、顾随广为今人所知。

　　在写给子女的家书中他说，“《孟子》《论语》宜熟读，文气自畅；曾读过之古文，亦宜常温，此古文也。至于今文，吾极欲汝看一家好论说之报纸。天津有《大公报》，其社论极有法度。”作为一位终身从事教育工作的大学问家，他把写字作文，视作一个人应该并能够拥有的艺舟之双楫。

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