2006年，徐扬生对时任香港中文大学校长刘遵义提出建议，大学进一步发展，需要解决科研的场景、应用、经费，还有很重要的学生资源，必须要打通内地。彼时一河之隔的珠三角作为中国经济发展“三驾马车”之一，高校和研所远低于长三角和京津冀地区。经过多方商议，2014年，香港中文大学（深圳）成立，徐扬生担任首任校长。

　　从香港而来，在深圳扎根，香港中文大学（深圳）并非单向引入，而是与香港中文大学有着频密的双向联系。过去一年，两校合作项目频频推出，其中“跨学科数据分析+X”（X为理学、工程学及商学中由港中大或港中深开设的另一主修）双主修课程正式招生，成为粤港澳大湾区首个让学生于深港两地校园修读双主修本科课程的项目。此外，经教育部批准，2024年起港中深将开始招收港澳台学生。

　　在徐扬生看来，两校的关系更类似于兄弟，发同一个文凭，学术标准一致，可以互相帮助。但他也表示，立足两地，兄弟之间也难免会有点竞争，“香港方面有几十年办学积累的经验和规定，而港中深立足深圳，需要遵从内地的办事规则，面临的许多情况都是前所未有的，因此需要尊重和包容。”