由于旱厕缺乏冲厕系统，可能出现卫生、蚊虫和臭味问题。食环署在2005年2月至2014年11月期间，推行旱厕改建计划，分七期将旱厕改为冲水式厕所。此计划纳入了2007/08年度的《施政纲领》，目标是在2012/13年度，完成所有旱厕的改建工程。

　　审计署2019年报告提到，在旱厕改建计划下，有441个旱厕改为冲水式厕所，并原址翻新了11个因实地环境限制、而没有改建的旱厕，涉及开支总额为7.402亿元。截至2019年6月，食环署辖下仍有51个旱厕。

　　食环署最新数据显示，现时辖下共有27个旱厕，分布在新界及离岛区。