按照《党和国家机构改革方案》，党中央在金融、科技、社会、港澳方面组建了5个新机构，其中就包括组建中央港澳工作办公室。港澳工作机构正式从国务院系统转归党中央系统。领导体制的改革，将对港澳工作产生多方面撬动。

　　“一国两制”已经纳入国家治理体系的13项基本制度体系之一，成为治国理政总体方略的重要组成部分。因应港澳工作的新形势，2020年中央港澳工作协调小组改为中央港澳工作领导小组，从“协调”到“领导”，职责更重要更全面，因而也需要配套强有力的办事机构。组建中央港澳办，是加强党中央对港澳工作的集中统一领导，是以更大力度落实港澳工作方针的重要组织保障。

　　并且，港澳工作涉及党、政、军、群不同领域。就以刚刚闭幕的全国两会来说，不仅全国人大常委会、国务院、全国政协常委会的工作报告中，都有不少内容涉及港澳，最高法、最高检工作报告也同样多处着墨。如最高法“基本实现内地与港澳民商事司法协助全覆盖”，最高检“坚决贯彻香港特别行政区维护国家安全法”等。“一府两院”均由人大产生并接受监督，彼此间则是平行并立关系。过往的港澳办是国务院办事机构，属于行政机关，难以从制度上和法理上统筹其他系统的港澳工作。

　　而党的领导则是“总揽全局、协调各方”，落实到了国家治理各领域各方面各环节。此次改革，将港澳办列入党中央机构序列，在体制上更为优化理顺，也更具权威，便于综合协调党务、人大、政府、政协、法院、检察院以及军队、群众团体等方方面面关系，加强谋划，整合资源，形成港澳工作合力。

　　在组建中央港澳工作办公室之后，还将继续保留国务院港澳事务办公室牌子。这种“一套班子，两块牌子”的模式，在部委之中并不鲜见。这便于在不同场合，根据需要以不同名义开展工作。现行机构中，如“中央台湾工作办公室”与“国务院台湾事务办公室”，“中央保密委员会办公室”与“国家保密局”，均是如此。