香港海事博物馆是国际海事博物馆协会（ICMM）的长期会员，通过ICMM，香港海事博物馆加入了国际博物馆协会（ICOM）。近期，香港海事博物馆被选为粤港澳大湾区博物馆联盟的成员之一，并正在申请加入中国博物馆协会。